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企業申請營業稅退稅時，國稅局實務上常以「核課確定」為由不予退稅。勤業眾信聯合會計師事務所資深會計師袁金蘭表示，一般有四種情況會被當作「核課確定案件」。
首先，是經稅捐稽徵機關核定，納稅人又未依法申請復查案件；第二種，則是經復查決定，納稅人未依法提起訴願案件。
第三種，是經訴願決定，納稅人未依法進一步提起行政訴訟案件；第四種則是經行政訴訟終局裁判確定案件。
依《營業稅法》規定，營業稅申報的核定，即國稅局收到營業稅申報書後在規定期限內核定，若無須補退稅，則會以公告方式代替通知文書，實務上，五區國稅局都會在規定核定期限前，就公告核定稅額。
袁金蘭指出，營業稅申報案件一經公告核定，且納稅人未於法定期限內提請復查、訴願或行政訴訟等行政救濟程序，即為核課確定案件，要在此之後申請退稅，過去實務上很難被國稅局同意。
不過《稅捐稽徵法》第28條同時規定，納稅人有十年的退稅請求權，藉此保障納稅人權益，且並未限制確定案件就不能申請。
此外，近期實務上行政法院判決可觀察到，個案判決中肯認「核課確定」並非退稅准許與否的關鍵，而應回歸案件本身是否有自行適用法令錯誤作為退稅請求權發生的事實要件等，袁金蘭說，納稅人仍有機會主張稅捐稽徵法第28條的退稅請求權，若有遇到類似爭議，仍可諮詢專家。
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