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房地合一重購退稅案件，國稅局都會列管五年，財政部台北國稅局表示，若在列管五年期間，房屋改作其他用途或再移轉，即使沒賺、賠售，也同樣要被追繳原本退還的稅款。
財政部台北國稅局表示，個人換屋適用房地合一稅重購退稅優惠，無論是「先賣後買」或「先買後賣」，須符合三大條件。
首先，出售舊屋與重購新屋的移轉登記時間在兩年內；其次，個人或其配偶、未成年子女應在出售及重購的房屋完成戶籍登記並居住；最後，出售及重購的房屋無出租、供營業或執行業務使用。
此外為避免民眾先適用租稅優惠後，轉頭就出售炒作，重購房地若在五年內改作其他用途或再行移轉，國稅局將追繳原扣抵或退還稅額，以避免投機行為，落實保障自住。
國稅局舉例，甲君在2019年9月買進A屋並設籍居住，2021年5月間以總價1,250萬元出售，另在同年5月底以1,665萬元買進B屋供自用住宅使用，屬自住房地「先賣後買」。
由於甲君在A屋完成移轉登記日起算兩年內重購B屋，且在兩屋均有設籍居住，同時符合無出租、無供營業或執行業務使用，重購價格1,665萬元大於出售價格1,250萬元，符合重購退、抵稅條件，甲君可抵稅10萬元。
不過甲君在2022年7月又將新買的B屋出售，屬於五年內再行移轉，國稅局對甲君追繳原扣抵稅額10萬元，甲君主張因個人財務，而在2022年出售B屋，並非轉賣投資獲利，希望撤銷追稅。
但國稅局指出，在重購退稅案件列管期間移轉，依規定須追繳稅款，與出售重購房屋是否獲利並無關連，駁回甲君所提出的復查申請。
實務上常見狀況，是因為戶籍遷出而導致不符要件，而遭到國稅局追稅，不過財政部指出，若因「特殊原因」導致戶籍遷出、未設戶籍在重購房屋，且重購房屋仍為自住，確定沒有出租、營業等狀況，仍可認定為符合適用條件，免被追繳稅款。特殊原因主要有三種。
首先，未成年子女就讀或將就讀學校，入學條件必須是設戶籍在該學區；第二，本人或配偶因公務派駐國外，導致戶籍遷出；第三，原所有權人死亡。
國稅局提醒，重購自住房地優惠機制是為鼓勵自住，符合特殊原因，納稅人需提出證明文件，供稽徵機關審認。
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